Με την άφιξη του στον πλανήτη Ερμή το 2019, το διαστημόπλοιο της αποστολής BepiColombo θα χωριστεί στα επιμέρους τμήματά του. Η μονάδα με τους προωθητήρες που θα μεταφέρουν το διαστημόπλοιο μέχρι τον κοντινότερο στον Ήλιο πλανήτη θα απομακρυνθεί από το κυρίως τμήμα του που θα αποτελείται από τα δύο σκάφη ΜΡΟ και ΜΜΟ προσδεμένα μεταξύ τους.
Στη συνέχεια, με τη βοήθεια συμβατικών κινητήρων, το διαστημόπλοιο της αποστολής BepiColombo θα τοποθετηθεί σε πολική τροχιά γύρω από τον πλανήτη, όπου θα παραμείνει το σκάφος ΜΡΟ. Το διαστημικό σκάφος ΜΜΟ θα αποσπαστεί προκειμένου να τοποθετηθεί σε μικρότερο ύψος από την επιφάνεια του πλανήτη.
Η χαρτογράφηση του Ερμή αναμένεται να διαρκέσει τουλάχιστον ένα χρόνο, στη διάρκεια του οποίο ο πλανήτης θα έχει ολοκληρώσει τέσσερις περιστροφές γύρω από τον Ήλιο.