Jacques Louet rejoint ensuite la Direction de l’observation de la Terre, au sein de laquelle il occupe de nombreux postes clés, dont celui de responsable système du premier satellite de télédétection européen (ERS), qui a fourni des mesures précises et à long terme de paramètres des terres, des océans et de la glace essentiels pour la surveillance de l’environnement et du climat.
Jacques Louet devient ensuite responsable système, et responsable de programme, d’Envisat, lancé en 2002, qui reste à ce jour le plus gros satellite civil d’observation de la Terre jamais lancé. Envisat a posé les bases du programme Copernicus, partenariat entre l’ESA et l’Union européenne.